В начале разработки теории функциональных систем ее сторонники и последователи П.К.Анохина четко стояли на позициях того, что эта теория сугубо биологична, поскольку берет свое начало в рефлекторной теории и обоснована на физиологических экспериментах. И это была правильная позиция, поскольку П.К.Анохин дал первое определение функциональной системы: "Под функциональной системой мы понимаем круг определенных физиологических проявлений, связанных с выполнением какой-то определенной функции (акт дыхания, акт глотания, локомоторный акт и т.д.)". (95). Со временем появились представления о поведенческих функциональных системах, сформировалась теория функциональных систем, описывающая процессы и механизмы целесообразной деятельности организмов. В процессе ее развития появились представления о био-социальных аспектах теории функциональных систем. В последнее время с ее позиций предпринимаются попытки осмысления социальной жизнедеятельности и мироздания (86 и др.).  

Однако все эти достижения не были торжественным шествием творцов и  сторонников теории функциональных систем на ниве познания закономерностей организации жизнедеятельности животных и человека. Имело место сопротивление от критики до категорического отрицания идей, а то и самой теории, сторонниками аналитической физиологии из-за спорности и неочевидности некоторых ее положений. Этому способствовало то, что не все вопросы организации жизнедеятельности организма были разрешены непротиворечиво. Остались аналитические представления о физиологии отдельных органов и их систем, таких как центральная нервная, сердечно-сосудистая, мочеполовая, пищеварительная и др.

        С позиций теории функциональных систем было предпринято много усилий, чтобы найти непротиворечивое решение этих вопросов и согласовать с системными представлениями о целесообразной деятельности организма. В стремлении обосновать системный подход в изучении целесообразной деятельности и П.К.Анохин, и его последователи усиленно доказывали системность физиологических функций. (4; 6; 70; 95 и др.). Элементы системности были установлены, разработаны соответствующие схемы системной организации различных физиологических функций. (70).

        Однако вопрос целесообразности при этом так и остался, по сути, открытым. Чтобы как-то все-таки его ввести в представления о системной организации функций, были изобретены понятия  в виде "функциональных систем с внутренним звеном саморегуляции". "К данной группе относятся функциональные системы, составные компоненты которых не выходят за пределы организма и которые обеспечивают поддержание определенных жизненно важных показателей организма только внутренними, как правило, генетически детерминированными механизмами саморегуляции" (70; 95).

Здесь–то и проходит линия раздела между системами организма, обеспечивающими его существование, и системами, обеспечивающими достижение результата во внешней среде посредством поведенческой деятельности. Поэтому вопрос целесообразности является принципиальным в деле согласования аналитических и системных представлений в физиологии. Чтобы выйти из этого затруднения, необходимо уточнить некоторые моменты и расставить все по своим (объективно соответствующим)  местам.

Издавна известно в физиологии, что орган и его функция – взаимосвязанные  явления: нет органа – нет функции, нет функции – нет органа. Но первичным является  потребность в осуществлении определенной функции. И под воздействием этой потребности формируется соответствующий исполнительный орган, осуществляющий данную функцию для удовлетворения исходной потребности. Аналитическая физиология так и делала: рассматривала отдельные органы и их функции – способ организации деятельности этих органов, функциональное их значение в жизни организма. И это была (и есть) функциональная физиология, изучающая функции органов и их систем в формировании ответных реакций на различные раздражения – рефлексов.

Каждая анатомическая структура, будь то печень, почка или совокупность нескольких органов, составляющих систему, такую как сердечно-сосудистая, пищеварительная или эндокринная  выполняет определенную функцию в организме, а большей частью несколько функций, для поддержания постоянства его внутренней среды. Но ни в одной из них нет ни обстановочной афферентации, ни принятия решения и определения цели, ни программы действия, наконец. Каждая физиологическая функциональная система работает по принципу рефлекса: есть стимул – следует ответная реакция на него. А результат приспособительный генетически детерминирован. Только интенсивность ответной реакции определяется величиной отклонения параметров от детерминированной нормы. Это находит подтверждение в обосновании роли функциональных систем в обеспечении жизнедеятельности организма: "Согласованная деятельность различных функциональных систем, определяющих отдельные показатели внутренней среды организма, обусловливают в целом процессы гомеокинеза и гомеостаза". (95).

Переход И.П.Павлова  и его школы к изучению условных рефлексов, фактически, явился переходом к изучению поведенческой деятельности организмов, в которой ответные действия на стимул подкреплялись получением вознаграждения (пищевое) или наказания (болевое). Т.е. формирование поведенческого акта осуществлялось посредством достижения приспособительного результата. И это была уже поведенческая физиология пока еще с неизвестными принципиальными и физиологическими механизмами. Постановка И.П.Павловым вопроса о рефлекторной деятельности организма в процессе целостного поведения животных, а затем и попытка обоснования понятия "рефлекса цели", окончательно подвели отечественную физиологию к изучению принципов и механизмов формирования целесообразной деятельности организмов. Однако  это выходило за рамки классической рефлекторной теории в область физиологии организма в процессе его целостного поведения. Но это уже не реакции отдельных органов и их систем в ответ на различные раздражители, а комплексные процессы ориентирования и действий целостного организма в сложных условиях эксперимента или в естественных условиях.

И здесь П.К.Анохин открыл новые  принципы и механизмы деятельности организма, в котором ведущим фактором организации жизнедеятельности является достижение приспособительного результата во внешней среде. Было аргументированно доказано и обосновано системное представление в понятии целесообразной деятельности (4; 6).

Но вот парадокс, оставаясь одной ногой в Павловской школе классической органо-функциональной (рефлекторной) физиологии, П.К.Анохин совокупность механизмов, обеспечивающих организму достижение приспособительного результата (цели) во внешней среде, назвал функциональной системой и много потрудился, чтобы обосновать это понятие с новым содержанием. Хотя эта совокупность таковой является лишь отчасти, поскольку в ней участвуют физиологические механизмы, т.е. органы и их системы со своими функциями.

Здесь возникло противоречие между представлениями о системной деятельности организма при достижении цели (результата) и традиционными представлениями о физиологии анатомических (по сути функциональных) систем организма, обеспечивающих его существование за счет поддержания гомеостаза. Потому-то с известными трудностями шло становление "теории функциональных систем". И до настоящего времени она принимается далеко не всеми физиологами, тем более медиками, большинство из которых все еще существуют и работают как специалисты по отдельным  органам и физиологическим системам.

 А ведь все обстоит довольно просто, и противоречие оказывается только внешним, в силу субъективизма сторонников так называемой аналитической и системной физиологий. Что представляет собой функциональная система по П.К.Анохину? Это – совокупность конкретных физиологических механизмов (органов и систем с их функциями), участвующих в достижении определенного приспособительного результата во внешней среде, потребного организму в данный момент. Здесь результат является системообразующим фактором. Появилась потребность в удовлетворении жажды, мы, в зависимости от того в каких условиях находимся, либо наливаем воды в стакан и удовлетворяем потребность – цель достигнута с наименьшими затратами, либо совершаем целый ряд действий в поиске подходящего источника, применяем различные приборы и инструменты, чтобы, наконец, достичь цель, получить желаемый результат, удовлетворить потребность – утолить  жажду.  Но в том и другом случае будут задействованы различные физиологические функциональные системы и осуществлена не сравнимая по объему работа для достижения одного и того же результата. Получив же результат, организм переходит к отдыху либо к достижению другого результата, и тогда прежняя "функциональная система"  "рассыпается", формируется новая "функциональная система", где системообразующим фактором выступает уже другой результат, намечается другая цель деятельности.

Одним словом, для достижения какой-либо цели каждый раз формируется соответствующий комплекс физиологических функциональных систем, реализующийся в достигнутом результате в процессе поведенческой деятельности организма и обеспечивающий приспособление его к внешним условиям. Т.е. оперативно создается система физиологических механизмов под ведущим воздействием потребного результата, взаимодействие которых приводит к достижению цели. Когда цель достигнута, физиологические функциональные системы, участвовавшие в согласованном взаимодействии при достижении результата, переходят на исполнение своих первейших функций – восстановление параметров функционального состояния организма до нормы  и поддержание его гомеостаза.

По такой схеме осуществляется, практически, любой поведенческий акт. Однако достижение потребного результата может вызывать большее или  меньшее напряжение отдельных узловых механизмов в общей архитектонике схемы поведенческого акта. Поведенческая деятельность, преобладающим компонентом которой являются физические усилия, а результат имеет вещественную форму, будет вызывать напряжение, преимущественно, соматических механизмов. Деятельность же, преобладающим компонентом которой являются психические усилия, приводящая к достижению идеальных результатов (духовных ценностей и т.п.  у человека), будет вызывать большее напряжение механизмов афферентного синтеза, принятия решения, процессов формирования программы и акцептора результатов действия, в совокупности представляющих собой интеллектуальную деятельность. Каждая потребность мотивирует организм на формирование соответствующего комплекса функциональных систем. Сменяя  одна другую, потребности создают континуум формирования  таких комплексов, реализация которых представляет собой поведенческую деятельность  организма от рождения до смерти.

Итак, по характеру формирования и реализации совокупность физиологических функциональных систем, обеспечивающую  достижение приспособительного результата посредством поведенческого акта, целесообразно называть "поведенческой оперативной целенаправленной системой", в отличие от физиологической функциональной системы, выполняющей в организме всегда одну задачу, свою функцию, участвуя в различных оперативно формирующихся системах, направленных на достижение во внешней среде каждый раз определенного (зачастую уникального) результата.  Самое существенное отличие физиологической функциональной системы, будь то отдельный орган или их взаимосвязь – центральная нервная система, сердечно-сосудистая система и др., состоит  в том, что при участии в оперативных целенаправленных системах они (функциональные системы) лишь увеличивают интенсивность своей деятельности или уменьшают, оставаясь по сути своей неизменными. Тогда как оперативные целенаправленные системы каждый раз создаются заново в зависимости от внешних условий и того конкретного результата, который в данный момент необходимо организму получить, чтобы обеспечить себе нормальное существование во внешней среде. Имеется ещё одно существенное различие между физиологической функциональной и поведенческой оперативной целенаправленной системами. Если оперативные целенаправленные системы в процессе своей реализации ведут к значительным энергетическим затратам и вызывают нарушения гомеостаза организма, то функциональные системы всегда в ответ на эти нарушения повышают свою функциональную активность для ликвидации возникших нарушений.

При этом принцип дестабилизации играет важнейшую роль в повышении функциональных возможностей физиологических механизмов. Оперативная целенаправленная система в процессе своей реализации всегда изменяет параметры внутренней среды организма, дестабилизирует гомеостаз. Даже небольшая физическая активность животного или человека приводит к повышению частоты пульса и артериального давления крови. Эти изменения всегда обусловлены повышением интенсивности обменных процессов, увеличением потребности в энергетических и пластических питательных компонентах, необходимостью выведения продуктов обмена и т.д. Все это обеспечивается усилением регуляторных нейрогуморальных процессов. В кровяное русло поступают различные гормоны из всех органов эндокринной системы. Одним словом, происходит значительное напряжение всех функциональных систем организма для обеспечения, с одной стороны, реализации оперативной целенаправленной системы, с другой – восстановления измененных при этом параметров внутренней среды или хотя бы поддержания их в пределах нормы реакции.